跟供货商的收购价和向客户报价不一致影响退税吗？

请教一下：
外贸公司何时让供货商开VAT发票？为何这样？
另外，如果从供货商工厂1万元买的货，以1.3万卖到国外客户的（报关也是此金额），这时让工厂1万元的VAT发票吗？退税也按1万算吗？它与报关的1.3万不一致，可以吗？没风险没问题吗？
请说原因，谢谢！